O clima das Termas del Daymán apresenta os rasgos gerais do clima do Uruguai, com quatro estações bem diferenciadas e uma média anual no entorno dos 20ºC. Contudo, como em todo o Departamento de Salto, o fato de estar afastado do mar faz com que os extremos sejam mais intensos, com verões muito calorosos e invernos muito frios.
No verão, as temperaturas superam os 35ºC, com sensações térmicas muito mais elevadas que no sul do país. O outono e a primavera são os meses mais agradáveis para desfrutar das Termas del Daymán, com temperaturas que rondam os 20ºC. no inverno as temperaturas chegam a descender por debaixo do zero, com sensações térmicas muito baixas pela noite. Durante o dia se pode desfrutar sem problemas das águas termais, já que se encontram a 40ºC.
As chuvas alcançam uma média de 1.100 mm distribuídos ao longo de todo o ano, embora os meses mais úmidos sejam fevereiro e março.